Это вам придется все демонтировать и выкапывать аккуратно все ваши насаждения а потом сажать заново, попробуйте под слой грунта постелить геотекстиль
https://www.standartpark.ua/catalog/geotextile/ он идет как укрепляющий сложные участки, заодно от вредителей предохранит.